Деятельность Росздравнадзора по проверке медицинских организаций регулируется Федеральным законом № 248-ФЗ «О государственном контроле (надзоре)», Федеральным законом № 323-ФЗ «Об основах охраны здоровья граждан» и Постановлением Правительства РФ № 1048, определяющим Положение о государственном контроле качества и безопасности медицинской деятельности.
Проверки делятся на два основных вида: плановые и внеплановые. Плановые проводятся по ежегодным планам, публикуемым на сайте Генеральной прокуратуры. Внеплановые — по основаниям, предусмотренным законом: жалоба пациента, информация о причинении вреда здоровью, истечение срока предписания.
Помимо этого, существует несколько форм контрольных мероприятий: документарная проверка (анализ документов без выезда), выездная проверка (инспектора присутствуют в организации), а также наблюдение за соблюдением обязательных требований (мониторинг из открытых источников).